En virtud de su cargo, hizo jurar al rey Alfonso VI que no era responsable de la muerte de su hermano, Sancho II, lo que le provocó la enemistad con el monarca. Acusado de deslealtad al rey, fue condenado al destierro en 1081 y rota su relación de vasallo de Alfonso VI. Se encaminó entonces con sus vasallos a Zaragoza, donde se puso a las órdenes del gobernante musulmán al-Muqtadir y, posteriormente, de su hijo al-Mu´tamin.
Tras la batalla de Zalaca, en el que fueron vencidas las tropas de Alfonso VI, el rey nuevamente le puso a su servicio y encomendó varios dominios en 1086. En esta segunda etapa emprendió campañas guerreras por el levante peninsular, logrando hacer que los reyes musulmanes de Albarracín y Valencia pagasen tributo a Castilla. Pero nuevamente tuvo un enfrentamiento con Alfonso VI, por lo que fue despojado de todos sus privilegios y hubo de salir al exilio. En esta ocasión se puso al servicio del rey musulmán de Valencia, logrando derrotar al conde de Barcelona Berenguer Ramón II en 1090. Logró tomar Valencia en 1094, lugar en el que se produjo su muerte entre mayo y julio de 1099.
